Depuis 2001, JP Charbonneau est conseiller technique auprès de Gilles Buna, Adjoint à l'urbanisme de Lyon, Vice-Président du Grand Lyon chargé de l'urbanisme, des grands projets et du développement durable.
Fabienne Stéphan est responsable, pour le consultant, de la coordination de son action sur Lyon.
Plus de 10 ans après le début de la politique d'espaces publics, celle-ci ne pouvait indéfiniment être une priorité. Ce qui était fait n'était plus à faire et G. Buna a été élu sur un projet politique, avec des objectifs et des engagements. Le Projet urbain de Lyon a donc été conçu, qui définit les orientations et les priorités nouvelles et sert de cadre aux actions qui en découlent. L'animation du travail de son explicitation et son écriture ont été conduites par le consultant.
L'accent y est mis notamment sur les liens dans la ville (liens créés par les modes doux, liens verts dans les quartiers, ou l'un des grands projets du mandat est la création, sur les berges de la rive gauche du Rhône jusqu'ici envahies par les autos, d'un vaste parc reliant sur 5km le Nord et le Sud de Lyon). De nouvelles orientations aussi ont irrigué les méthodes de conduite des projets (ainsi la place de la concertation) ou enrichi les actions (la recherche d'un développement durable par exemple).
Des expérimentations ont également été conduites pour enrichir les techniques d'aménagement, en visant la qualité des espaces et des usages mais sans viser pour cela à une transformation lourde définitive.
Dans cet esprit, JP Charbonneau a proposé le concept et organisé avec les services des collectivités le «Festival des Jardins de rues». Le principe a consisté à implanter des carrés de jardins de 5mX5m dans des rues surdimensionnées de la ville pour en améliorer l'ambiance et en réorganiser les fonctions au profit des piétons et des déplacements doux, sans travaux coûteux. A cette occasion, les compétences de créateurs (artistes, architectes, designers) ont été sollicitées donnant lieu à un Festival en 2004 et 2006 dont la direction artistique a été assurée par le consultant assisté de C. Dugave.
Le Plan Lumière, initié à la fin des années 80 et précurseur à cette époque, avait fait découvrir la ville la nuit et montré certaines possibilités de la lumière urbaine. Révélation pour tous, lyonnais ou non lyonnais, il avait fait passer de la pénombre à une ville de lumière.
Mais lui aussi devait être revisité, modernisé et G.Buna a donc dés 2001 souhaité la création du nouveau Plan Lumière de Lyon.
S'il complète ce qui a été réalisé à l'échelle du grand site de Lyon, il invite aussi à une approche plus complexe en apportant des réponses adaptées à la diversité des territoires, en tenant compte des temporalités et de l'activité des quartiers, en prônant une démarche de développement durable, en favorisant la création et en libérant la lumière de son support architectural.
La mise en oeuvre est conduite par A. Bouchet, directeur de l'Eclairage public, assisté de JP. Charbonneau et de la DETU. Elle vise à faire entrer la lumière urbaine dans la maturité d'une discipline complexe, en évolution continue, à l'image de la rénovation des espaces urbains.
Assurée en partie par le service Espaces publics, celle-ci est à présent une composante de tous les projets du Grand Lyon. Un Groupe de Recherche des Espaces publics, lieu de débat animé par JL. Azéma assisté du consultant, en pérennise le souci de la qualité et enrichit la culture commune.